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Le congé longue maladie (CLM) et grave maladie (CGM)
AD/info/24 juillet 2025
Le congé de longue maladie (CLM) permet à un agent public atteint d’une pathologie grave de bénéficier d’un congé de longue durée avec un maintien partiel de sa rémunération. Il est attribué sur avis du conseil médical pour une durée pouvant aller jusqu’à trois ans, en cas de maladie invalidante nécessitant des soins prolongés et rendant impossible l’exercice des fonctions.
Le CLM est ouvert aux fonctionnaires titulaires, aux stagiaires (sous conditions) ainsi qu’à certains contractuels (il s’appelle alors le congé de grave maladie (CGM). Il peut faire suite à un congé de maladie ordinaire (CMO) et ouvrir, le cas échéant, à une reprise à temps partiel thérapeutique ou à un reclassement. Il est comptabilisé comme service effectif pour l’avancement, la retraite et l’ancienneté.
- Conditions d’ouverture du droit
Le CLM peut être accordé à un fonctionnaire titulaire, ou à un stagiaire en cours de titularisation, lorsqu’il est atteint d’une affection le mettant dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions et relevant d’une des pathologies suivantes :
- Cancer, affection psychiatrique grave, sclérose en plaques, polyarthrite rhumatoïde, diabète insulino-dépendant, tuberculose, etc. ;
- Ou toute autre maladie jugée invalidante, grave et de nature à justifier un traitement et un suivi prolongé.
La demande de CLM peut être présentée :
- Par l’agent ou par l’administration ;
- À la suite d’un congé de maladie ordinaire (CMO), ou directement si la pathologie le justifie. Il faut alors adresser à l’administration une demande de CLM, accompagnée d’un certificat médical de votre médecin traitant. Si vous demandez un CLM pendant un congé de maladie, la date de début de votre CLM est la date de la 1re constatation médicale de votre maladie. Votre congé de maladie est requalifié en CLM.
Un avis du conseil médical (ancien comité médical) est requis pour l’attribution initiale du CLM et pour toute prolongation. Ce dernier se base sur l’expertise d’un médecin agréé désigné par l’administration.
- Durée, renouvellement et suivi médical
Le CLM est accordé pour une durée maximale de 3 ans par affection (soit 1 095 jours), de façon continue ou discontinue et renouvelable par périodes de 3 à 6 mois. La durée est comptabilisée en jours ouvrés sur une période glissante de trois ans. Elle est décomptée même pendant les vacances scolaires, sauf cas particuliers (reprise interrompue par la même affection pendant les congés).
Le CLM peut être accordé initialement pour 3 à 6 mois, renouvelables sur avis du conseil médical. Chaque prolongation nécessite un certificat médical actualisé et un réexamen du dossier médical.
Pendant la première année de CLM, rémunérée à plein traitement, vous pouvez demander une prolongation sans que le conseil médical soit saisi. Il suffit d’adresser une demande écrite, accompagnée d’un certificat médical précisant la nécessité et la durée de la prolongation.
Au-delà d’un an, c’est-à-dire lorsque le congé passe en demi-traitement, toute prolongation nécessite l’avis du conseil médical.
Par ailleurs, l’administration peut vous convoquer à un examen par un médecin agréé au moins une fois par an. Si vous refusez de vous y soumettre, votre rémunération est suspendue.
Enfin, en cas de désaccord avec les conclusions du médecin agréé, vous ou votre administration pouvez saisir le conseil médical pour un nouvel avis.
- Rémunération
Depuis le 1er septembre 2024 suite au décret n° 2024-641 du 27 juin 2024, les conditions d’indemnisation congés longue maladie (titulaires) et congés grave maladie (contractuels) ont été modiées et, une fois n’est pas coutume, améliorées
Fonctionnaires titulaires et stagiaires :
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Éléments de rémunération |
Conditions de versement |
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Traitement indiciaire |
100 % pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes |
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100 % pendant toute la durée du CLM |
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100 % pendant toute la durée du CLM |
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100 % pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes tant que vous n’êtes pas remplacé dans vos fonctions |
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Primes et indemnités |
33 % pendant 1 an, puis 60 % les 2 années suivantes |
A noter : Dans le cas où l’agent en congé de maladie est placé rétroactivement en CLM ou en congé de longue durée (CLD), la conservation de ces primes et indemnités est acquise jusqu’à la date de placement de l’agent en CLM ou CLD. En outre, l’agent ne peut pas cumuler ces primes et indemnités avec celles dues au titre du CLM. En cas de placement rétroactif en CLM, les heures supplémentaires annualisées maintenues au titre du CLM sont dues à compter de la date de début du CLM. Ces dispositions ne s’appliquent pas aux contractuels, qui ne peuvent faire l’objet d’un placement rétroactif en CGM
La plupart des mutuelles proposent des allocations journalières permettant de compenser la perte de revenu jusqu’à 75 % du traitement net. Ces allocations sont exonérées d’impôt sur le revenu.
Agents contractuels :
Les agents contractuels ne relèvent pas du CLM à proprement parler mais du congé de grave maladie (CGM). Il convient de se référer au décret n°86-83 du 17 janvier 1986 (articles 11 à 15).Toutefois, il s’agit des mêmes conditions d’ouverture (avec condition d’ancienneté de trois ans), de demande et de prolongation. Concernant la rémunération, la notion de traitement s’entend comme définie à l’article 2 du décret n° 85-1148 du 24 octobre 1985 modifié relatif à la rémunération des personnels civils et militaires de l’État, des personnels des collectivités territoriales et des personnels des établissements publics d’hospitalisation. Il s’agit donc de la part de la rémunération rattachée à un indice, quand le contrat le prévoit. Dans ce cas, la part de la rémunération non indicée est assimilée à des primes et indemnités pour les agents contractuels, au sens du décret n° 2010-997 du 26 août 2010.
- Reprise, reclassement, inaptitude
À l’issue du CLM, plusieurs situations sont possibles :
- Reprise à temps plein si l’agent est déclaré apte par un médecin agréé ;
- Reprise à temps partiel thérapeutique : possible directement après un CLM, sur demande de l’agent et avis favorable du conseil médical ;
- Reclassement en cas d’inaptitude aux fonctions antérieures, dans un autre poste ou un autre corps ;
- Disponibilité d’office pour raison de santé, si la reprise est momentanément impossible ;
- Retraite pour invalidité si l’état de santé est jugé définitivement incompatible avec toute activité.
La visite de reprise est obligatoire à l’issue du CLM, quel qu’en soit le motif de fin.
- Effets sur la carrière
Le CLM est considéré comme service effectif :
- Il est pris en compte pour l’ancienneté, l’avancement, la retraite et les droits à congés.
- Il ne suspend pas la durée du stage si le cumul des congés pour raison de santé (CMO, CLM, CITIS) reste inférieur à 1/10e de la durée totale du stage. En savoir plus sur le site service-public.fr concernant la durée du stage : https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F1895
Pour les personnels non enseignants, en cas de chevauchement avec des congés annuels, un report partiel est possible selon la jurisprudence européenne.
Le point de vue d'AD/CFE-CGC
Le CLM reste un dispositif essentiel de protection des agents malades, que les réformes successives ne doivent pas affaiblir. Le maintien de la rémunération intégrale la première année et d’un traitement partiel ensuite constitue un minimum de garanties sociales face à des maladies longues et invalidantes.
Action & Démocratie reste particulièrement vigilant quant aux délais de traitement des dossiers CLM, parfois trop longs, ainsi qu’aux pratiques de certaines administrations consistant à retarder ou à contester abusivement l’accès à ce congé.
Concernant les nouvelles dispositions d’indemnisation pendant le CLM issues du décret n°2024-641 du 27 juin 2024, AD/CFE-CGC conteste l’intégration des primes spécifiques DROM, dont la prime dite de « vie chère » à La Réunion (qui est en réalité un traitement majoré et non une prime proprement dite), dans les primes et indemnités réduites des deux tiers lors de la première année : l’impact sur les traitements des collègues concernés est énorme et une mesure qui était censée être avantageuse pour les agents publics se révèle dans ce cas très désavantageuse. AD/CFE-CGC est en discussion sur ce dossier, par l’intermédiaire de la fédération des services publics de la CFE-CGC, avec le ministère de la Fonction publique.
Références
Code général de la fonction publique – articles L822-9 à L822-12
Décret n°86-442 du 14 mars 1986 – articles 25 à 28
Circulaire du 24 juillet 2003 relative au traitement des certificats médicaux
Circulaire du 22 mars 2011 sur le maintien des primes pendant les congés pour raison de santé
Décret n°94-874 du 7 octobre 1994 relatif aux stagiaires de la fonction publique
Décret n°86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux agents contractuels de l’État
Fiche officielle du ministère de la Fonction publique (mise à jour 2024)
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