1. Conditions d’ouverture du droit

• Ouvert à tout agent public (titulaire, stagiaire, contractuel) dont l’état de santé nécessite un arrêt de travail. Pour être placé en congé de maladie, il faut adresser à l’administration dans les 48 heures qui suivent son établissement par un médecin un avis d’arrêt de travail.
• Seuls les volets n°2 et 3 de l’avis d’arrêt de travail sont transmis, le volet n°1 qui comporte le motif médical doit être conservé (les agents non titulaires doivent cependant l’envoyer à leur centre de sécurité sociale). Ce volet n°1 doit être présenté au médecin agréé de l’administration, en cas de contre-visite ou de tout autre examen médical.
• À transmettre dans les 48 heures à l’administration (sauf en cas d’hospitalisation) le certificat médical initial et les éventuelles prolongations. En cas de retard, une retenue sur traitement est possible (50% du traitement indiciaire brut, primes et indemnités sauf l’IR et le SFT)

2. Durée et suivi médical

• La durée du congé de maladie est d’un an maximum pendant une période de 12 mois consécutifs.
• Le décomptage des droits s’effectue sur les 12 derniers mois (12 mois glissants). L’arrêté de placement en congé maladie récapitule les jours de congé pris dans les 12 mois précédents
• Reprise automatique à la fin de l’arrêt sauf en cas de prolongation ou si vous avez été placé en congé de maladie pendant 12 mois consécutifs : dans ce cas, la reprise dépend de l’avis du conseil médical.

Point de vigilance :

La durée du congé est celle qui est indiquée sur l’arrêt prescrit par le médecin et qui est exprimée en nombre de jours. Si un congé de maladie se termine pendant une période de vacances, la reprise du service est réputée s’effectuer durant celle-ci qui n’est pas prise en compte dans le congé. Toutefois, si à l’issue de la période de vacances l’agent est à nouveau en congé maladie pour le même motif, les jours de vacances sont alors comptabilisés dans le congé de maladie.

Horaires de sortie : l’article R323-11 – 1 du Code de la sécurité sociale (« l’assuré doit rester présent à son domicile de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, sauf en cas de soins ou d’examens médicaux ») ne s’applique pas dans la fonction publique.

• En cas d’inaptitude à la reprise des fonctions, un placement en disponibilité peut être décidé par le conseil médical. Le cas échéant, il est possible de solliciter un congé de logue maladie. Visite de reprise exigée si l’arrêt a duré plus de 30 jours consécutifs ou en cas de reprise à temps partiel thérapeutique.
• L’administration peut soumettre à tout moment l’agent en congé maladie à une visite de contrôle par un médecin agréé, soit sous la forme d’une convocation à une consultation, soit (plus rarement) sous la forme d’une visite à domicile.
• Un médecin agréé est un médecin généraliste ou spécialiste figurant sur une liste établie, dans chaque département, par le préfet, sur proposition de l’Agence régionale de santé. Il a notamment pour rôle d’effectuer les contre-visites et les expertises. Si vous ou votre administration contestez l’avis du médecin agréé, vous pouvez saisir le conseil médical.
• L’avis du conseil médical départemental est obligatoire après 6 mois consécutifs de congé pour toute prolongation.

3. Jour de carence

• Depuis le 1er janvier 2018, le jour de carence non rémunéré s’applique de nouveau pour les fonctionnaires à chaque arrêt, sauf cas de rechute ou prolongation dans les 48 h pour la même affection (ALD, CLM, CLD, pas de jour de carence dans ce cas non plus que pour maternité), seul le supplément familial de traitement étant versé le cas échéant.
• « La loi prévoit que les agents publics civils et militaires en congé de maladie ne bénéficient de leur traitement ou de leur rémunération qu’à compter du deuxième jour de ce congé. De ce fait, le jour au titre duquel s’applique le délai de carence correspond à la date du premier jour à compter duquel l’absence de l’agent à son travail est justifiée par celui-ci par un avis d’arrêt de travail établi par un médecin.
• En application du I de l’article 115 de la loi du 30 décembre 2017, le traitement ou la rémunération afférent au premier jour de congé de maladie ainsi déterminé fait l’objet d’une retenue intégrale. Lorsque l’arrêt de travail est établi le même jour que celui où l’agent a travaillé, puis s’est rendu chez son médecin traitant, le délai de carence ne s’applique que le premier jour suivant l’absence au travail réellement constatée. »
• Bien que la rémunération débute à partir du 2e jour, le jour de carence est décompté comme un jour faisant partie du congé maladie, mais sans versement.

Loi n°2017-1837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018 : article 115

Circulaire du 15 février 2018 relative au non versement de la rémunération au titre du premier jour de congé de maladie des agents publics civils et militaires (PDF – 261.4 KB)

4. Rémunération

Titulaires et stagiaires

Depuis le décret n° 2025-197 du 27 février 2025 (applicable aux congés maladie à compter du 1er mars 2025), baisse de 10% du traitement pendant les trois premiers mois du congé maladie :

• 2e au 90e jour : 90 % du traitement, primes et indemnités incluses sauf indemnité de résidence et SFT,
• 91e au 365e jour : 50 % du traitement
• Indemnité de résidence et supplément familial de traitement maintenus à 100 % pendant toute la durée du congé
• NBI et autres primes : 90 % puis 50 %, sauf dispositions spécifiques.

La plupart des mutuelles complètent le demi-traitement par des allocations journalières permettant de conserver jusqu’à 75 % du traitement net. Ces allocations ne sont pas imposables.

Agents non titulaires (contractuels) : indemnités journalières Sécurité sociale (IJSS) et subrogation

• Les agents non titulaires qui sont en activité (CDD, CDI) bénéficient du droit à congés maladie pendant une période de douze mois consécutifs si son utilisation est continue ou au cours d’une période comprenant trois cents jours de services effectifs si son utilisation est discontinue
• Les agents non titulaires relèvent du régime général de la sécurité sociale (décret n°86-83 du 17 janvier 1983, article 2)
• Les IJ de la CPAM démarrent au bout de 3 jours de carence et correspondent à 50% du salaire. Toutefois, les agents non titulaires bénéficient du maintien de 90% du traitement pendant les 3 premiers mois puis du maintien de 50 % du traitement pendant les 9 mois suivants dans les conditions d’ancienneté suivantes :

Après quatre mois de services : un mois à 90% traitement, un mois à demi-traitement.
Après deux ans de services : deux mois à 90% traitement ; deux mois à demi-traitement.
Après quatre ans de services : trois mois à plein traitement ; trois mois à demi-traitement.

D’autre part, à compter du 1^er juillet 2025 pour les agents contractuels ayant au moins 4 mois d’ancienneté, « l’administration est subrogée à l’agent contractuel dans les droits de celui-ci aux indemnités journalières qui lui sont dues en matière de maladie, maternité, paternité, adoption et accidents du travail et maladies professionnelles lorsque la rémunération maintenue durant les congés prévus aux articles 12 à 15 est au moins égale au montant des indemnités journalières. »

Cela signifie le versement direct du maintien de la rémunération par l’administration (et non plus des indemnités journalières par la sécurité sociale) qui réclame ensuite à la sécurité sociale le remboursement des indemnités à la place des agents (subrogation).

Décret n° 2024-641 du 27 juin 2024 relatif au régime de certains congés pour raison de santé des fonctionnaires et des agents contractuels de l’Etat

5. Effets sur la carrière et droits

• Le CMO est compté comme service effectif : il est donc sans incidence sur l’avancement, l’ancienneté ainsi que la retraite.
• Le temps passé en congé maladie ne réduit pas non plus les droits aux autres congés (maternité, parental, proche aidant, formation syndicale, etc.)
• Pour les personnels non enseignants, si les congés de maladie ne permettent pas de bénéficier des congés annuels, une partie de ces congés annuels peut être reportée.
• Le congé maladie ne suspend pas le stage en titularisation et n’a pas d’incidence sur la durée du stage tant que la durée totale des congés pris pour raison de santé (CMO, CLM ou CITIS) ou de maternité n’excède pas 1/10^e de la durée du stage