Arrêts maladie et temps partiel thérapeutique : ce qui change à la rentrée

Un décret publié le 29 juillet modifie sensiblement les règles applicables aux congés pour raison de santé dans toute la fonction publique. Certaines mesures constituent de réelles avancées pour les personnels ; d’autres vont au contraire dans le sens d’un contrôle accru des arrêts maladie.

Du mieux tout d’abord pour le temps partiel thérapeutique. Depuis le 1er août, il peut être accordé pour la durée médicalement justifiée, toujours dans la limite totale d’un an, mais sans devoir être renouvelé tous les un à trois mois. Le contrôle systématique par un médecin agréé au-delà de trois mois disparaît également, même si l’administration conserve la possibilité d’en demander un.

Les personnels disposent surtout de nouvelles garanties en cas de refus. Celui-ci doit désormais être motivé et, lorsqu’il est fondé sur les nécessités de fonctionnement du service, être précédé d’un entretien au cours duquel l’agent peut se faire assister par la personne de son choix. En revanche, l’administration dispose désormais, sauf dans certains cas de reprise après un congé long, d’un délai pouvant aller jusqu’à trente jours pour répondre à une première demande.

Pour les arrêts maladie, les nouvelles dispositions applicables à compter du 1er septembre sont nettement plus contraignantes. Un arrêt initial ne pourra en principe excéder 31 jours et chaque prolongation 62 jours, sauf dérogation médicalement justifiée. Surtout, une prolongation devra normalement être prescrite par le même professionnel de santé que l’arrêt initial pour permettre le maintien de la rémunération, sous réserve des exceptions prévues par le Code de la sécurité sociale.

L’administration pourra également procéder à des contrôles de présence au domicile ou sur le lieu de repos lorsque l’arrêt impose des heures de présence. Un refus de contrôle ou une absence injustifiée pourra entraîner l’interruption de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt. Les arrêts établis sur papier devront par ailleurs utiliser un nouveau formulaire Cerfa sécurisé.

Le décret comporte néanmoins deux avancées intéressantes : un agent pourra, avec l’accord d’un médecin agréé, suivre une formation ou effectuer un bilan de compétences pendant un congé maladie ; dans la fonction publique de l’État, les agents ayant épuisé leurs droits à congé maladie ordinaire alors qu’ils attendent une décision sur leur placement en congé de longue maladie ou de longue durée bénéficieront désormais d’une indemnité d’attente.

Le bilan est donc contrasté : des démarches simplifiées et des droits mieux garantis pour le temps partiel thérapeutique, mais un encadrement et un contrôle sensiblement renforcés des arrêts maladie. Ce nouveau tour de vis s’ajoute au jour de carence et à la réduction à 90 % de la rémunération pendant les trois premiers mois de congé maladie ordinaire. Dans une Éducation nationale confrontée à une usure professionnelle croissante, pénaliser et contrôler toujours davantage les agents malades ne saurait tenir lieu de politique de prévention. Et les propositions qui commencent déjà à fleurir à l’approche de l’élection présidentielle de 2027 n’augurent malheureusement rien de bon. Action & Démocratie et la Fédération des Services publics CFE-CGC n’entendent pas laisser les agents publics malades devenir, une fois encore, la variable d’ajustement des économies budgétaires à venir.

Références :

Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires
Fonction publique : de nouvelles règles pour les arrêts de travail et le temps partiel thérapeutique